无论是内科保守治疗还是外科手术治疗，克隆病都有较高的复发率。临床观察表明，手术后一半的患者在5年内复发，而手术后10年复发率达75% ，手术后巧年复发率高达91％。尽管如此，只要坚持治疗（包括再次手术），其复发率会逐渐降低。克隆病的病死率在5％~18％之间。