溃疡性结肠炎的致病因素也是引起复发的危险因素。与病因一样，引起复发的因素也不十分清楚。溃疡性结肠炎患者肠通透性增加导致肠内抗原进入体内，上调肠私膜免疫系统，是目前备受关注的复发危险因素。非肠源性感染（如呼吸道）可引起类似于非特异性嗜酸粒细胞性炎症。季节变化也可能是通过激活嗜酸粒细胞而诱发炎症性肠病，此时炎症性肠病患者病变肠私膜嗜酸粒细胞明显增多，肠灌洗液也含有大量嗜酸粒细胞代谢产物。特异性肠道感染如空肠弯曲菌感染是复发的常见原因。近年来，有学者认为心理应激因素诱发炎症性肠病与脑和肠道神经体液免疫的相互作用和肠道神经系统生理作用有关。