可疑溃疡性结肠炎患者还要除外一些非感染性肠道病变，包括放射性肠炎，胶原性结肠炎，肠易激综合征，结肠息肉等。

胶原性结肠炎有典型的临床表现，即顽固性的水样腹泻；组织学上有特征性的改变，即结肠私膜上皮下出现胶原性带状沉积物，胶原纤维增厚且超过5um。

急性期放射性肠炎有放射治疗史，在照射过程中或照射后急性发病。活组织检查发现私膜上皮细胞异常增殖、血管内膜下出现多量泡沫细胞等。与晚期放射性肠炎鉴别要根据病人有放射治疗史，直肠病变多位于前壁。放射性肠炎的溃疡特点为表面覆以灰白色苔样痂或坏死物。活组织检查发现，病变常累及肠壁全层。

肠易激综合征患者粪便中有大量黏液但无脓血。X线及内镜检查仅示有结肠痉挛等改变，而无别的炎症病变可见，除肠道症状外，患者往往有明显的神经官能症状。

息肉位于直肠或乙状结肠发生出血时可有便血症状，血常附着于粪便表面；少数患者有排便习惯改变或腹痛症状。结肠镜和活组织检查，或高频电灼切除整个息肉做病理切片检查，可确诊结肠息肉及其息肉性质。