溃疡性结肠炎的原因及发病机理尚不明确。目前，认为溃疡性结肠炎是受到免疫遗传影响的宿主反应及外源性刺激交叉互相作用而发生的多因素疾病。自身免疫因素也是近年来最受重视，研究较深入，据研究事实有以下几点支持自身免疫是溃疡性结肠炎的原因。

1、临床常并有自身免疫性疾病。

2、体液免疫。患者血清中存在多种自身抗体，如抗结肠抗体(主要为IgM)，其抗原是结肠上皮细胞内的脂多糖，虽然对胎儿等结肠上皮细胞无细胞毒作用，但它能介导抗体依赖性细胞毒细胞，发挥向导作用，使细胞毒细胞杀伤靶细胞——结肠上皮细胞；血清中还可能含有与结肠上皮细胞抗原起交叉反应的抗大肠杆菌O14型等抗体。另外，血清中还常含有一种( 或一些)抑制巨噬细胞移行抑制因子。

3、细胞免疫。患者的淋巴细胞与正常成人或胎儿结肠上皮细胞共同培养，使结肠上皮受损，说明患者的淋巴细胞已被致敏，出现了细胞毒作用。这种细胞毒作用可由大肠杆菌O14、O19等的菌体中提出的脂多糖，刺激正常人淋巴细胞、激发K细胞而产生。细胞毒作用对本病是重要的致病作用。

4、免疫复合物存在。患者结肠固有膜中有IgG、补体C3的F及S表型和纤维蛋白的沉积的免疫复合物，血循环中的免疫复合物，很可能是引起肠道外病变的因素。

5、肠壁粘膜局部。常含有大量的IgG细胞，此系T8(抑制性)细胞减少、T4(辅助性)细胞增多的结果。

6、胸腺器官。免疫器官胸腺常常发生明显增生和肿大，显示淋巴滤泡及上皮细胞B细胞聚集，还可发现有逆病毒颗粒，可以由B细胞诱导传播至其他细胞。

7、肾上腺皮质激素治疗常起到明显的疗效。

南宁医博医院专家提醒：免疫学因素研究进展较快，虽还不能认识统一化，但已初见成果。感染为溃疡性结肠炎直接病因，而后引起自身免疫的致溃疡性结肠炎的原因，已逐渐被广大医务工作者所接受。