出血性结肠炎，到目前为止，确切病因未明，但细菌感染和患儿机体的变态反应两种因素相结合可能是发病的主要原因。

1、细菌感染：肠道细菌感染中以C型产气荚膜杆菌多见，但大多数患儿粪便培养不出细菌，抗生素治疗无显效。

2、变态反应：细菌及其毒素、食物均可使机体产生Ⅰ型及Ⅲ型变态反应，病儿常伴有其他过敏性疾病，如湿疹、等麻疹、哮喘等。

此外，有些患儿肠内缺乏蛋白酶，使C型产气荚膜杆菌的β毒素易于引起肠粘膜坏死性改变，从而导致本病的发生。