这是患者经常会提问的一个问题。这两种检查各有其适应证，也各有其优点和缺点，不可一概而论。需要根据病情、检查目的选择。

结肠镜检查有确诊价值，能在直视下仔细观察整个结直肠内腔的结构及其病变，发现病变时还能在镜下准确地采集病变组织和分泌物，做病理检查、细菌培养等进一步的检查。其缺点是检查前肠道准备较气钡灌肠检查要求高，如要求在1小时内服完大量的液体将肠道冲洗干净，检查中痛苦较大，许多人不能适应。对于某些患者尤其是肠粘连、肠腔梗阻或狭窄的患者，其上方肠段难以看到。

气钡灌肠检查可观察到结肠和直肠的大体形态和痉挛情况，气钡灌肠可以更明显地发现大肠形态学上的改变，如结肠冗长、先天性巨结肠等病变，对慢性结肠炎、克罗恩病、结肠肿瘤等疾病的诊断也均有意义，对于因各种原因肠镜不能插人的肠段，气钡灌肠往往也能达到较满意的检查效果。同时气钡灌肠检查的痛苦相对较小，肠道准备较简单，禁忌证较少。所以年高体弱、不能耐受结肠镜检查者、对结肠镜检查前的肠道准备恐惧者、肠腔狭窄段肠镜检查已失败者、有严重的肠粘连等时均可选择做气钡灌肠检查。但气钡灌肠检查也有其明显的缺点，如所见为间接影像，不能直接看到黏膜表面的充血水肿等细微变化，不能对病变组织或黏膜取样检查，易受肠腔内粪渣等的影响。