肠结核一般都由人型结核杆菌引起，偶有因饮用菌牛奶或乳制品罹患牛型结核者，结核杆菌侵犯肠道的主要途径有：

1) 胃肠道感染：人进食带有结核杆菌的食物后导致感染，这是肠结核的主要感染方式；

2) 血行播散：血行播散也是肠结核的感染途径之一。见于粟粒型结核经血行播散而侵犯肠道；

3) 邻近结核病灶播散：肠结核还可由腹腔内结核病灶直接蔓延而引起，如输卵管结核、结核性腹膜炎、肠炎膜淋巴结核等。此种感染系通过淋巴管播散。