采用手术的方法治疗肛窦炎，由于病灶清除得彻底，所以能够根治。采用保守的方法治疗肛窦炎，只是消炎和控制感染，减轻或缓解症状，并没有彻底清除病灶，所以当日后再有适合条件时还会复发。当然，复发后再做保守治疗也仍然有效。