肠道阿米巴病的诊断根据特征性的临床表现及必要的辅助检查即可确诊：

1) 临床表现：起病缓慢，全身中毒症状轻，大便呈暗红色果酱样，有特殊腥臭，粪质较多，含血及黏液，常反复发作；

2) 粪便检查：取急性期患者新鲜粪便（以自然排出、无尿液掺混的新鲜粪便为佳）的血液或黏液部分，立即送检（寒冷季节需注意保暖），镜下可见活动的、吞噬红细胞的阿米巴滋养体及大量凝集成团的红细胞、少量白细胞和夏科-雷登结晶。慢性期患者或带包囊，或先经硫酸锌离心漂浮法浓集包囊后，再经碘染色镜检包囊，可提高包囊的检出率；

3) 乙状结肠镜检查：适用于粪检阴性而高度怀疑为慢性阿米巴痢疾的患者。2/3有症状的病例中可见大小不等的散在性溃疡，边缘整齐，周围有时可见一圈红晕，溃疡间黏膜正常，溃疡边缘部分涂片及活检可见滋养体；

4) 血清学检查：用已知病原检测患者血清中的抗体，主要检测方法有免疫荧光抗体法、间接血凝试验及酶联免疫吸附试验等。阿米巴痢疾的阳性率约为60%-80%，阿米巴肝脓肿时阳性率可达95%以上，且痊愈后可持续数月至数年。