肛窦炎的主要临床表现是肛内疼痛不适。若平时不甚疼痛者，排便时疼痛会加重；若平时不痛者，排便时疼痛可发作，故需与肛门裂相鉴别。另外，肛窦炎可伴有肛门坠胀感，肛内疼痛可向会阴或能尾部放射，排便时常带有黏液或血性分泌物，结果经常被误诊为肠道炎性疾病。这些都需要认真地鉴别。