肛周脓肿是一个很特别的病，即它与肛瘘有着密切的关系，所以如果说肛周脓肿手术后会有后遗症的话，那应该就是肛门瘘了，其次是肛门失禁。当然，肛周脓肿若能得到及时合理的手术治疗，愈合是非常好的，不会有什么后遗症，即便脓肿成为了肛瘘，这在临床上有时也是必然的，二次手术是允许的。至于肛周脓肿手术后出现了肛门失禁，那是做一期根治术时，因对解部位置不熟悉，切断了肛管直肠环所造成的。因此，做肛周脓肿手术要到正规医院由专业的肛肠医师来做，以免出现不必要的后遗症。