初发病时在肛周皮下发生约0.5厘米大小的硬结、红肿、化脓，因摩擦患者会有不同程度的疼痛，硬结会很快发生破溃，流出黏稠带臭味的脓汁，炎症或轻或重。重者继发感染呈急性炎症，患者会有恶寒发热、周身不适等症状；轻者破溃处形成潜行性溃疡。由于病情反复发作，炎症逐渐发展、蔓延，在皮下可形成复杂的窦道和瘘管，而在皮肤上有多个开口，皮肤肥厚，形成疲痕及瘢痕疱瘘。

依据以上临床表现，即可作出肛周化脓性汗腺炎的诊断。