在人身体的体表及其与外界相通的腔道，如口腔、鼻腔系统、咽喉腔、眼结合膜、肠道及泌尿生殖道等部位都有大量微生物的存在。其中一部分为长期寄居的微生物，在机体防御功能正常时是无害的，称为正常茵群或正常微生物群。正常茵群对人体有益无害，而且是必需的。正常菌群是由相当固定的细菌组成，有规律地定居于身体一些特定部位，成为身体的一个组成部分，其数量是巨大的，大约为10M个左右。在长期的进化过程中，通过个体的适应和自然选择，正常菌群中不同种类之间，正常茵群与宿主之间，正常菌群、宿主与环境之间，始终处于动态平衡状态中，形成一个互相依存、相互制约的系统。因此，人体在正常情况下，正常茵群对宿主表现不致病。
除正常茵群外，还有一种称为过路茵群，又称外籍菌群，是由非致病性或潜在致病性细菌所组成，来自周围环境或宿主其他生境，在宿主身体存留数小时、数天或数周，如果正常茵群发生紊乱，过路茵群可在短时间内大量繁殖，引起疾病。