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克罗恩病的主要并发症包括：肠梗阻、肠瘘、腹腔脓肿、肛裂、营养不良等，并可能发生癌变。肠外并发症可有胆结石、肾结石、胆管炎症、骨质疏松等。有研究表明，约有30％一60％的炎症性肠病患者的骨密度降低，这也许与炎症性肠病患者长期接受激素治疗、使健康的骨质新陈代谢受到了干扰有关。骨质的丢失量随着糖皮质激素的用量和时间的增加而增加。