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放射治疗的不良反应多是由于高线性能量放射性过度照射到非肿瘤部位所引起，包括急性和慢性两种不良反应。最常见的急性不良反应是腹泻及会阴部皮肤发炎渍烂，但这些症状会随着治疗结束而改善。慢性不良反应包括肠道梗阻、肠道或膀胱出血、瘘管形成甚至于肠段坏死等，这些多是由于照射后局部血液循环变差、组织缺氧造成的。近年来，一些照射技术及术前定位技术的改进。可使这类不良反应的发生率显著降低。