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长期患有溃疡性结肠炎(病程>7年)者应常规接受结肠镜检查和结肠黏膜活检，建议检查间隔时间为1。3年不等。由于溃疡性结肠炎的黏膜必须经历从不典型增生到癌的转变过程，一般每3年1次结肠镜检查更为合理。
克罗恩病是否需要常规进行结肠镜检查常有争议，但是患者因其他原因进行结肠镜检查时，则应对可疑病变进行病理学诊断。
对有大肠癌家族史者，肠镜检查也很重要：有遗传性非息肉病性结、直肠癌家族史者应从20岁开始或早于亲属发病年龄10年起，每3年接受1次结肠镜检查。家族性腺瘤性息肉病的家族成员应在15～20岁开始接受结肠镜检查，以早期发现结肠息肉病。有腺瘤病史者应常规接受结肠镜检查，由于腺瘤生长发展为癌的过程缓慢，所以进行结肠镜检查时，间隔时间不需要少于3年。
有大肠癌病史者，根治术后仍需监察。患者应该在手术后6个月及前2年内每年接受1次结肠镜检查以排除局部复发，此后每3年进行1次结肠镜检查。同时，血清癌胚抗原(CEA)升高可能是复发的征象，所以手术后应定期检测。