一些结肠、直肠的器质性病变也可引起便秘，如直肠黏膜松弛套叠，盆底肌痉挛，不完全性的肠梗阻，妇女的直肠前突，肠道肿瘤（良性和恶性）一些外科手术的后遗症（肠狭窄、粘连等）等。这些发生在结肠与直肠的疾病，其共同点是使肠道的某一部位变得不太通畅，虽然肠道功能一般没有问题，但粪便在通过肠道有病变的部分时非常费力，时间延长，使粪便中的水分被过度吸收，粪质干燥，结果发生便秘。在临床上，肠道功能障碍性便秘要多见一些，并且往往是功能性和器质性的原因都有，它们纠缠在一起不好区分是功能障碍引起的便秘还是器质性原因引起的便秘。