便秘经过一段保守治疗仍无效者，可通过一些检查手段看是否存在器质性病变，即有否需要经手术治疗的外科疾患。慢运输型便秘的手术条件：① 结肠无张力；② 无出口梗阻；③ 除外肠易激综合征。可做结肠段或次全切手术。

出口梗阻型便秘：此类病进行排粪造影检查，可诊断。包括：

① 直肠前突，采用修补阴道后壁或直肠前壁的方法解决；

② 直肠内脱垂，治疗常采用结扎直肠豁膜以缩短长度，也可注射硬化剂加手术结扎的综合疗法；

③ 盆腔痉挛综合征（又叫盆底失弛缓综合征），可以切除部分耻骨直肠肌的手术方法，但疗效不确定。