长期便秘常可引起人们情绪的改变：心烦意乱、注意力涣散，对日常生活、工作和学习都有较大影响，此外还与下述很多疾病的发生、发展有关。

对肠道本身的影响：长期便秘可使肠道细菌发酵而产生的致癌物质，刺激肠黏膜上皮细胞导致异形增生，易诱发癌变；便秘可引起肛周疾病，如直肠炎、肛裂、痔等，因便秘、排便困难、粪便干燥可直接引起或加重肛门直肠疾患；较硬的粪块阻塞肠腔，使肠腔狭窄及压迫盆腔周围结构阻碍了结肠蠕动，使直肠或结肠受压而造成血液循环障碍，还可形成结肠憩室、粪性溃疡，严重者可引起肠穿孔；也可发生结肠憩室性肠梗阻、胃肠神经功能紊乱(如食欲不振、腹部胀满、暖气、口苦、肛门排气多等)。

肠道外的并发症：如脑卒中，影响大脑功能(记忆力下降、注意力分散、思维迟钝等)，性生活障碍等；在肝性脑病、乳腺疾病、阿尔茨海默病等疾病的发生中也有重要的作用。临床上关于因便秘而用力增加腹压、屏气使劲排便造成的心血管疾病发作有逐年增多趋势，如诱发心绞痛、心肌梗死发作等。