对便秘患者尤其是顽固性便秘患者做病理检查有助于明确诊断，及采取正确的治疗措施，还可以对预后作出判断。如对先天性巨结肠患者的检查发现，其肠壁缺乏神经节细胞或其数量很少，手术时必须一直切除到病理证实有正常神经节的肠段才能达到治疗效果。目前对便秘患者所做的病理检查主要是肠镜下取活组织检查、手术切除标本的病理检查等。

病理检查对探明便秘的原因及其发展过程以及发生机制等也十分重要，所以目前国内许多学者都很注意这方面的研究。如李实忠研究发现，顽固性便秘组结肠肌间神经丛细胞减少、变性。认为顽固性便秘为多种原因所致的结肠肌间神经丛损伤、致使结肠转运功能严重受损的器质性病变；充分切除病变结肠能有效缓解便秘。