大肠水疗的具体操作方法因所用的仪器的不同而有所不同，但基本过程如下：病人取左侧卧位，先行肛门指诊检查，然后将插肛器涂以润滑油，轻轻插人肛内（深度约6厘米）,然后改为屈膝平卧位，将插肛器与进水管和出水管连接，并告诉患者水进人肠道的感受，然后打开进水开关，同时根据病人情况，做适当的腹部按摩，当患者自觉腹部不适或胀痛感时，打开排水开关，同时继续按摩腹部，将水及大量的粪便排出。反复进行如此过程，直至完成整个疗程（大约45分钟）。

在水疗过程中应注意以下几个问题：在第一次大肠水疗前应详细地询问病史，同时也应做一些简单的体格检查，如体温、脉搏、血压，心、肺和腹部检查，肛门局部的检查，包括望诊和指诊。

大肠水疗有一定的禁忌证，如严重的高血压病、严重的心脏病、动脉瘤、严重贫血、肛裂、大肠癌、妊娠、肝硬变、肠手术后、肾功能不全等。

大肠水疗中心应设立在医院内为妥，须在专业的医生指导下，由治疗师或护士操作。对进行水疗的患者需进行病史的询问和适当的检查，如直肠指诊等。大肠水疗可以作为一种保健或治疗方法，对某些疾病和症状有一定治疗和改善效果，但是，决不是包治百病的方法。