肛裂患者除了便血以外，经常还伴有肛门疼痛，严重者疼痛可持续数小时，十分痛苦。患者常常试图通过久忍大便，减少排便次数来减轻痛苦，结果反因粪便在大肠中停留时间延长，水分被吸收而变得更干硬，再次排便时对肛裂创口的刺激更大，可引起更剧烈的疼痛。

肛裂早期如果得不到及时治疗，会出现肛管溃疡（裂口纤维化，又称陈旧性肛裂）、肛乳头肥大（息肉样瘤）、哨兵痔（皮赘增生）等三种病症，继续发展还可出现肛窦炎（肛门慢性炎症）和肛瘘（肛门化脓性炎症），与前三症合称“肛裂五特征”，也有因长期慢性炎性刺激成肛管癌的可能。