一般来讲，肛裂的形成有两大原因，一是长期或反复发生便秘，二是局部感染，二者相辅相成。长期或反复发生便秘是肛裂形成的最直接的原因，由于经常便秘，肛管皮肤被反复撕裂，裂口感染成为溃疡，慢性炎症的刺激使溃疡不能愈合而形成炎性裂口。

局部感染是肛裂病的主要原因，肛门部本身各种杂菌就多，当因便秘使肛管受到损伤后，粪便刺激、细菌感染、浅表皮肤坏死等因素联合作用于肛管损伤处，使溃疡形成，溃疡边缘炎性增生，炎症向四周浸润，影响到周围组织，特别是影响到肛门内括约肌，使其痉挛产生周期性疼痛，最终成为肛门裂。还有学者认为，肛门先天发育不良也是肛门裂的原因之一。此说也有一定道理。