肛门裂的临床症状很简单，就是肛门痛、便鲜血、便秘（或大便干）这三大症状，有时仅有肛门剧痛一症。细究起来，肛裂的肛门疼痛又很有特点，凭其特点又可和其他肛门病相鉴别。肛裂早期仅在排便时肛门痛，排完大便后肛痛逐渐减轻直至消失。随着病情的进展则出现周期性疼痛，即排便时产生撕裂样疼痛，持续 10 分钟左右疼痛逐渐缓解，称为疼痛间歇期，此间歇期时间长短不一。其后由于肛门内括约肌的反射性痉挛收缩，又出现更为剧烈和持续的疼痛，此疼痛可持续数小时至十几个小时不等，最后因内括约肌疲劳而松弛，疼痛方可缓解。等到再次排便时，病人又出现上述疼痛。这种周期性肛门痛是肛门裂的疼痛特点，其他肛门病不具备。

关于便鲜血，肛裂便血量很少，仅少量滴几滴血或是用手纸擦拭时染一点鲜血。便秘是肛裂的原因之一，由于肛门痛，患者不敢用力排便，结果大便更干燥，排便时肛门更痛，成为"恶性循环"。这就是肛门裂的三大临床症状，除此而外，鲜有他症。