肛窦炎与肛门裂的共同点都有肛门疼痛或排便时肛门灼痛，肛门紧缩。二者的不同点是肛窦炎常有少许黏液从肛内溢出而肛裂没有；肛门裂伴有排便时粪便上染鲜血而肛窦炎没有此现象。肛门裂可在肛门（肛管）后正中位或前正中位触到和看到明显的裂口且触痛明显，而肛窦炎没有这一体征，这是肛窦炎与肛门裂最重要的鉴别点。