疼痛是肛裂的主要症状。多数患者排便时即感疼痛。排便后有一短暂疼痛减轻的间隙期，随后，出现持续且加剧的疼痛。疼痛的时间长短因肛裂的程度不同而不同。可长达数小时至整日。
肛裂引起剧烈疼痛的主要原因是由于排便时肛裂裂口内神经末梢受到刺激，引起肛门内烧痛和刀割样疼痛．从而使得肛门内括约肌痉挛收缩，导致持续性疼痛。然后，随着时间的推移，括约肌渐渐疲乏松弛，疼痛随之减轻，并逐渐消失。这在肛裂疼痛症状中，谓之“疼痛的一个周期”。不仅排便可引起肛裂的剧痛，咳嗽、喷嚏以及排尿等都可引起这种疼痛周期。