内口处理不当：绝大多数是因为内口没有找准确，或没有把感染的原发灶即内口彻底清除。

肛门腺处理不当：据近年来的研究表明，肛门腺感染是肛瘘的重要病因，因此，要切除干净内口，以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管。

瘘支管及其瘘空腔清除不彻底：即在手术中没有刮干净坏死组织或清除支管，即可导致复发。

内口复杂：即瘘内口二个或二个以上时，寻找内口不完全，导致复发。

新生成的肛瘘：多为患者因肛门腺感染，又发生了肛周脓肿，导致新的肛瘘，而被误认为是复发，在临床中不难鉴别。