肛瘘患者检查时在肛周皮肤上可见到单个或多个外口，呈红色乳头状隆起，挤压时有脓液或脓血性分泌物排出。

外口的数目及与肛门的位置关系对诊断肛瘘很有帮助：外口数目越多，距离肛缘越远。肛瘘越复杂。在肛门中间划一横线。若外口在线后方，瘘管常是弯型，且内口常在肛管后正中处；若外口在线前方，瘘壁常是直型，内口常在附近的肛窦上。外口在肛缘附近，一般为括约肌瘘；距离肛缘较远，则为经括约肌瘘。若瘘管位置较低，自外口向肛门方向可触及条索样瘘管。

确定内口位置对明确肛瘘诊断非常重要。直肠指检时在内口处有轻度压痛，有时扪到硬结样内口及索样瘘管。肛门镜下有时可发现内口，自外口探查肛瘘时有造成假性通道的可能．宜用软质探针：以上方法不能肯定内口时，还可自外口注入美蓝溶液1—2ml，观察填入肛管及直肠下端的白湿纱市条的染色部位，以判断内口位置；碘油瘘管造影是临床常规检查方法，对于复杂、多次手术的、病因不明的肛瘘患者．应作钡灌肠或结肠镜检查，以排除Crohn病、溃疡性结肠炎等疾病的存在。