在各种致病因素的作用下，形成肛瘘大致经历以下过程：

（1）肛窦、肛腺感染阶段：最初为局部炎症，继续发展，炎症则向肛门周围蔓延。

（2）肛门直肠周围发炎阶段：因炎症未能得到有效控制，发展到肛门直肠周围的组织间隙之中。

（3）肛门直肠周围脓肿阶段：肛门直肠周围组织间隙炎症导致化脓，局部出现红肿热痛四大特征。

（4）形成瘘管阶段：肛门直肠周围脓肿溃破或手术切开排脓后，肉芽组织增生，脓腔逐渐缩小，最后形成结缔组织硬壁管道，中间遗留之空隙，即为瘘管。