肛瘘可分为静止期和活动期。肛瘘处于静止期时没有活动性感染，无疼痛和其他不适，只有间歇性地从外口流一些稠水或脓液且量也很少。当肛瘘处于活动期时，从外口流出的脓液量会骤然增多且质浓稠色黄味臭，可伴有外口周边胀痛红肿及体温升高。另外，无论肛瘘处在静止期还是活动期都能在肛缘触到索条状硬块，这就是感染后结缔组织增生形成的瘘管。在瘘管及外口处可以有压痛。由于炎症的持续存在，肛内黏液性分泌物增多或瘘管外口周围脓液的刺激，使肛周皮肤疹痒，甚者成为湿疹。

综上所述，肛瘘的临床表现主要是肛周局部有略高于四周的瘘管外口、索条状硬块、流脓、疼痛及瘙痒。