由于肛门直肠解剖结构比较复杂，所以肛瘘的分类方法有很多，还没有形成统一的标准，不过临床医师为了更好地指导临床实践，以肛门外括约肌深部划线为标志，将肛瘘分为高位瘘和低位瘘两大类，每类又依据内外口和瘘管的多少分为单纯性和复杂性两种。具体标准如下。

（1）低位单纯性肛瘘：只有一条通过肛门外括约肌深部以下的瘘管，内口在肛窦附近。

（2）低位复杂性肛瘘：瘘管在肛门外括约肌深部以下通过，外口和瘘道有两个以上，内口在肛窦附近。

（3）高位单纯性肛瘘：只有一条瘘管，但其穿过肛门外括约肌深部以上，内口在肛窦部位。

（4）高位复杂性肛瘘：有两个以上外口且瘘管有分支，其主管通过肛门外括约肌深部以上，有一个或两个以上内口。