患了肛瘘做手术，一般掌握两个原则：早期手术原则和静止期手术原则。

早期手术的好处是：第一，绝大多数肛瘘开始都是单纯性的，手术相对简单，患者痛苦也小。第二，肛门功能不受影响。如果肛瘘拖延日久，一方面感染向深部发展可成为高位肛瘘，另一方面一根瘘管可以变成多根的复杂肛瘘，增加了手术难度，增加了患者的痛苦，同时肛门功能会受到不同程度的影响。第三，防止肛瘘癌变。医学上已经证实肛瘘可以癌变，时间越久的肛瘘癌变率越高，所以应早期手术。

在肛瘘静止期做手术的好处是：第一，静止期患者的身体状况，如抵抗力要好于活动期，适宜手术。第二，静止期炎症反应轻，手术后不容易出现创面感染，恢复快。