在肛肠疾病中，肛瘘手术后的复发率是比较高的，这主要是指高位复杂性肛瘘。国外报道其复发率达21%，所以高位肛瘘的治疗目前仍是国内外公认的难题。

肛瘘手术后复发的原因很复杂。最主要的原因是内口问题：或是没有找到真内口，或是有两个内口而手术只切开了一个，由于内口是肛瘘的感染源，只要有遗留的内口，手术后就一定会复发。肛瘘术后复发的另一个原因是病情复杂，瘘管太多，走向不明，结果是手术中有遗漏，造成术后复发。

综合临床情况可知：如果是高位复杂性肛瘘，手术后大约有1/5的人可能复发；如果是高位单纯性肛瘘，手术后大部分都能瘘愈，极个别人复发；如果是低位复杂性肛瘘，手术后应该都能治愈，复发者可能是有未被发现的高位瘘。单纯的低位肛门瘘，手术后都能治愈，不会复发。