如果弄明白了肛瘘分类为什么以肛门外括约肌深部为标志，也就能明白为什么高位肛瘘和低位肛瘘的治疗方法不一样。在临床上低位肛瘘一般采用切开法治疗。这是一种靠肉芽组织使伤口愈合的开放式手术，是传统的经典手术方法，疗效可靠。由于低位肛瘘的瘘管在肛门外括约肌深部以下通过，所以采用切开法治疗不会引起肛门失禁。

高位肛瘘的治疗主要采用切开挂线法，即肛瘘低位部分采用切开法，高位部分用线结扎，靠线的回缩力将肌肉缓慢地割开，然后被割开的部分又通过炎症反应引起的纤维化使括约肌断端"愈合"，并与周围组织粘连，从而防止了肛管直肠环的断裂回缩，避免了肛门失禁。