（1）内口定位错误
内口是肛瘘的感染源，肠腔的致病茵正是从内口进入肛周才引起肛周脓肿和肛瘘的，一般位于肛门内3～4cm处的直肠和肛管交界处。90％以上的内口是隐性的，医生寻找内口的最主要方法是从瘘管内探查或指诊触摸。由于很多肛瘘迁延日久，瘘管内反复感染形成粘连而堵塞不通，就无法通过探查和造影的方法来寻找。对于瘘管弯曲、多外口的复杂瘘同样也无法探查。如果没有正确地找到内口，往往在术中只切开了部分瘘管，真正的内口仍存，导致术后复发。
（2）挂线术盲目人为制造内口
挂线术是中医传统疗法，也是目前临床治疗肛瘘采用的最主要方法，其原理是利用胶线的弹力收缩，慢性勒割管壁，敞开瘘管而起到治疗作用。但挂线术的缺点就是有着相当高的复发率。无论是早期的瘘管壁全部挂线还是现在的切挂，其fi-法都是将胶(丝)线从肛瘘外口穿入瘘管，然后从内口拉出，收紧线的两端并结扎在一起。如果瘘管畅通，线可从内口准确拉出，瘘管壁被完整打开而获得治愈，但如果瘘管中间粘连或内口闭合，在穿线过程中就很有可能穿出管壁进入瘘管外组织，然后从人为的穿破口出来，这样，部分关键的瘘管和内口就被遗漏而没有打开，从而造成手术失败，术后复发。
（3）主灶未敞开
主灶就是主要的病灶，按照瘘管不同部位对治疗的重要性，可将瘘管分为主灶和支管。主灶是由内口及与内口相连的肛管段瘘管，也是和肛门内、外括约肌相伴而行的瘘管。在治疗上，主灶一定要切开。外口及与其相连的肛缘外瘘管叫支管，在治疗上，支管只要引流通畅而不必全部敞开。由于多种原因，我们在手术时没有找到主灶或顾忌损伤括约肌影响肛门闭合功能而未能充分敞开主灶，结果创口始终不能愈合，或暂时愈合后又渍破复发。
（4）漏支管
肛瘘手术时主灶切开重要，支管引流同样重要，如果在术中遗漏支管而没有处理，同样会造成手术失败．这种情况多发生在复杂性肛瘘和病程较长反复发作的肛瘘。复杂性肛瘘支管多，瘘管弯曲，反复发作的肛瘘瘢痕重，这都给寻找支管造成困难，术中极易遗漏而形成残存窦道，术后会反复感染不愈。
（5）引流不畅
肛瘘治疗时不管是手术还是挂线，最终目的都是达到引流通畅目的。只有引流通畅，瘘管才会脱落，创口肉芽才会正常生长，皮肤才会顺利覆盖。瘘管过深。切口过小过短而又没有放置引流物，或行支管旷置术时方法不当，都会造成引流不畅，创口不愈合。
（6）术后假愈合
术后肛管闭合，瘘管切口的两端很容易触碰在一起，如果长时间没有采取措施，瘘管腔并未完全肉芽填充而两端的皮肤会先生长到一起，这样的愈合形式叫桥形愈合，由于不是真正的愈合，还会造成复发，所以又叫假愈合。
