从生理学角度看，肛垫组织在直肠内起到软垫的作用，有助于肛管的严密闭合。

肛垫黏膜下层有丰富的动静脉吻合，使肛垫静脉丛的静脉血动脉化。正常情况下，肛垫内动静脉吻合的开放与闭合是交替进行的，每分钟可开放8～12次。由于吻合管能自由开放，对肛垫区的温度与血量调节有重大作用，是良好的血量调节器。动静脉吻合管平滑肌的收缩与舒张主要由局部产生的血管舒缩素调节，肛垫受到某种不良因素刺激时，起初由于胺类物质分泌增加，引起吻合管痉挛，组织缺血氧，继而肛垫组织因缺氧刺激，释放组胺，产生局部组胺作用、吻合管扩张、血液淤滞、组织水肿和血凝块形成，严重者可发展为局部黏膜坏死、糜烂甚至出血。

正常肛垫通过平滑肌、弹力纤维和结缔组织等支撑固定在直肠壁上的，如果这些支撑固定组织出现老化断裂，肛垫组织向下移动，在临床上则见脱垂。